－－現在と未来をつなぐシンカリオン、発進！

Ｅ５系はやぶさ、N７００Aのぞみ等実在する新幹線が変形するロボット「シンカリオン」の運転士となったハヤトら子供たちが、新幹線超進化研究所の大人たちと協力して敵に立ち向かう物語を描いたテレビアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン』。
劇場版では、次世代新幹線の開発のための新幹線試験車両「ＡＬＦＡ-Ｘ（アルファエックス）」が早くもシンカリオンへと変形し、新たな運転士とともに日本の平和と安全を守るため、戦いに挑む。
テレビアニメでは描かれなかったシンカリオン誕生の秘密、ＡＬＦＡ-Ｘが繋ぐ現在と未来、ハヤトとホクトの親子の絆…。シンカリオンだからこそ描ける時空を超えた感動の戦いが今、始まる！！

地球を奪うため、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が宇宙から現れた！
そのすべては、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」が鍵を握っている…！？
平穏な日々を過ごしていたハヤトら＜チームシンカリオン＞の戦いが再び幕を開ける――！！

突然の敵の攻撃により父・ホクトが行方不明になってしまい、不安を隠せないハヤト。そこに現れたのは、なんと時空を超えてやってきた“9歳のホクト”だった！　光の粒子に包まれてタイムスリップしてきた＜少年ホクト＞は、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、最新技術を結集し完成した「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」の運転士になることを決心する。二人の想いとともに、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部から集結した＜チームシンカリオン＞は宇宙最強の敵に立ち向かう！

チームシンカリオンは日本の平和と安全を守ることができるのか！
ハヤトは父・ホクトと再会することができるのか！？

声の出演

佐倉綾音　釘宮理恵　伊藤健太郎　吉田鋼太郎ほか

スタッフ

監督／池添隆博　脚本／下山健人　キャラクターデザイン／あおのゆか　メカニックデザイン／服部恵大　音楽／渡辺俊幸　音響監督／三間雅文
アニメーション制作：OLM
アニメーション制作協力：SynergySP
CGアニメーション制作：SMDE
制作：小学館集英社プロダクション
製作：超進化研究所
配給：東宝映像事業部